Un regime di sanzioni si applica in caso di non conformità con l'obbligo di dichiarazione Intrastat/EMEBI (precedentemente DEB in Francia) o di errori nella dichiarazione, in conformità agli articoli 1788e del Codice Generale delle Imposte francese (CGI) e 467‑4 del Codice Doganale.
Una multa di 750 € viene imposta per ogni dichiarazione mancante o tardiva. Questa sanzione può essere raddoppiata a 1.500 € se il dichiarante non regolarizza la propria situazione entro 30 giorni dalla notifica formale. Inoltre, ogni omissione o errore in una dichiarazione comporta una multa di 15 €, con un tetto massimo di 1.500 €.
Inoltre, le autorità doganali hanno ampi poteri di controllo sulle dichiarazioni Intrastat/EMEBI: possono richiedere informazioni, esigere dichiarazioni supplementari e convocare riunioni. Il mancato rispetto delle scadenze di risposta può comportare sanzioni finanziarie.