Aplica-se um regime de sanções em caso de incumprimento da obrigação de declaração Intrastat/EMEBI (anteriormente DEB em França) ou de erros na declaração, de acordo com os artigos 1788e do Código Geral de Impostos francês (CGI) e 467-4 do Código Aduaneiro.
Uma multa de 750 € é imposta por cada declaração em falta ou atrasada. Esta penalização pode ser duplicada para 1.500 € se o declarante não regularizar a sua situação no prazo de 30 dias após a notificação formal. Além disso, cada omissão ou erro numa declaração implica uma multa de 15 €, limitada a um total de 1.500 €.
Adicionalmente, as autoridades aduaneiras têm amplos poderes para auditar as declarações Intrastat/EMEBI: podem solicitar informações, exigir declarações suplementares e realizar reuniões. O não cumprimento dos prazos de resposta pode resultar em penalizações financeiras.