Un régime de sanctions s'applique en cas de non-respect de l'obligation de déclaration Intrastat/EMEBI (anciennement DEB en France) ou d'erreurs dans la déclaration, conformément aux articles 1788e du Code général des impôts (CGI) et 467‑4 du Code des douanes.
Une amende de 750 € est imposée pour chaque déclaration manquante ou tardive. Cette pénalité peut être doublée à 1 500 € si le déclarant ne régularise pas sa situation dans les 30 jours suivant la mise en demeure. De plus, chaque omission ou erreur dans une déclaration entraîne une amende de 15 €, plafonnée à un total de 1 500 €.
En outre, les autorités douanières disposent de larges pouvoirs pour contrôler les déclarations Intrastat/EMEBI : elles peuvent demander des informations, exiger des déclarations supplémentaires et organiser des réunions. Le non-respect des délais de réponse peut entraîner des sanctions financières.